Film se navrací svou hlavní dějovou linií do časů, ve kterých se nacházela posádka Battlestar Galacticy a Battlestar Pegasus přibližně uprostřed druhé série stejnojmeného seriálu. Lee Adama (Jamie Bamber) se stal právě komandérem Pegasu a hledá si své nové vysoké důstojníky. CAG je nepřekvapivě kapitán Cara...
Během působení v Brazílii je Dr. Taylor Briggs, odborník na amnézii a jiné onemocnění paměťového centra, přizván ke konzultaci stavu pacienta nalezených při horních tocích Amazonky. Během vyšetření je Taylor náhodně vystaven tajemné substanci, která má schopnost odblokovat vzpomínky uloženy hluboko v podvědomí....
